Sóng ở đáy sông xoay quanh Núi - con của một người vợ lẽ và bản thân mẹ cậu nguyên là người ở trong một gia đình tư sản thời cũ. Từ nhỏ, Núi và hai em (Sông và Biển) đã không được bố cậu chấp nhận là con, bốn mẹ con chỉ được ăn cơm thừa canh cặn, bố Núi luôn tìm cách để tống khứ bốn người ra khỏi nhà, khi chiến tranh nổ ra, lợi dụng việc di tản của thành phố, bố Núi đã gửi ba anh em về bên ngoại. Ở quê ngoại, cậu có một mối tình đầu với một cô gái có họ rất xa tên Hiền và khiến cô ấy có thai, sau khi gia đình phát hiện sự việc, Hiền đã bỏ đi nơi khác. Kể từ mẹ mất, bố bỏ rơi, mấy anh em hết kế sinh nhai, Núi đã trở thành kẻ cắp và phải đi tù nhiều lần, sống trong kiếp giang hồ. Sau đó, Núi gặp Mây và Mây lại có thai, nhưng cô bỏ đi theo tình cũ là Hưng Sẹo sang Trung Quốc buôn lậu. Núi gặp lại Hồng (bạn học cùng quê ngày xưa) sau 15 năm, họ bén duyên và định nên vợ chồng thì Mây mang con về. Hồng đành ra đi. Được ít bữa thì Mây lại bỏ con đi mất. Núi lặn lội ôm con đi tìm Mây nhưng Mây nhất quyết không về. Núi ăn xin, ăn cắp nuôi con một thời gian rồi gửi con lại ở quê lên Hà Nội buôn bán. Tại Hà Nội, Núi gặp lại Hồng, khi ấy đã lấy chồng mới. Núi định làm ăn lớn nhưng không có vốn nên ăn cắp để lấy vốn làm ăn, định khi làm ăn được sẽ tự giác trả lại khổ chủ nhưng đang dang dở thì bị bắt và tiếp tục vào tù, Yến (con của Núi với Mây) theo vào tù sống với cha. Trong thời gian ở tù, Hồng có đến thăm và cho Núi biết tin tức mẹ con Hiền. Nhờ đó Núi liên lạc được với họ. Sau cùng, khi gặp lại Hiền với đứa con tên Đồi thì Núi đã được cảm hóa và trở lại chính mình.[4][5]